LA STORIA RECENTE

Dal 2000 al 2008 il Ponte San Pietro ha militato esclusivamente nei gironi dell'Eccellenza Lombardia, piazzandosi sempre a metà classifica.

Durante l'estate del 2007 la società si fonde con il Football Club Isola di Terno d'Isola e Chignolo d'Isola, le due squadre uniscono così la loro struttura che prende il nome di Associazione Calcio Ponte San Pietro-Isola.

Al termine della stagione 2008-2009 la squadra ritorna in Serie D, conquistata dopo un campionato culminato con lo spareggio contro il Seregno, deciso da una rete di Paolo Zirafa, alla 27ª rete stagionale.

Nella prima stagione di Serie D, dopo un avvio condito dall'esonero di Marco Bolis, l'allenatore che ha riportato i sanpietrini in Serie D), il Ponte San Pietro - Isola, guidato da Corrado Verdelli, raggiunge il terzo posto, per poi essere eliminata nelle semifinali dei play-off.

Per la stagione 2010-2011 la società sceglie per la panchina Fabrizio Cesana, e, salutato il capitano Paolo Zirafa, firma per l'attacco l'ex professionista Andrea Mussi. La squadra lotta per le posizioni alte della classifica e raggiunge le semifinali di Coppa Italia di Serie D con il Perugia. Stesso epilogo nella Serie D 2011-2012, dove la squadra arriva nuovamente seconda ed esce alla terza fase dei play-off contro i veneti del Legnago.

Il 4 agosto 2012 il Ponte San Pietro - Isola, partecipante al primo turno della Coppa Italia, supera il Gubbio, squadra che giocava in casa e di tre categorie sopra il Ponte San Pietro - Isola: dopo essere passato in svantaggio per 3-1 nel primo tempo e aver subito un'altra rete nel secondo, la squadra riesce a rimontare tre gol fissando il risultato sul 4-4 alla fine dei novanta minuti. La vittoria viene centrata segnando il quinto gol nei tempi supplementari, che fissa il risultato finale sul 4-5. Il Ponte San Pietro - Isola verrà poi eliminato al turno successivo dal Varese. Un altro 2º posto arriva nella stagione 2012-2013, seguito nella stagione successiva da una qualificazione ai play-off. Arriva poi un 2º posto nella stagione 2012-13.

Nella stagione 2013-14 arriva un 6° posto in campionato, raggiunge il secondo turno della Coppa Italia ed è finalista di Coppa Italia di Serie D.

Nella stagione 2014-15, termina il campionato in ottava posizione e raggiunge i quarti di finale nella Coppa Italia di Serie D.

Nella stagione 2015-16 ottiene un 4° posto in campionato, nei play off viene eliminata in semifinale dal Calcio Lecco ed esce al primo turno di Coppa Italia.

Nella corrente stagione la squadra è stata affidata a Mister Giacomo Curioni con una rosa giocatori rinnovata e sempre pronta a competere per nuovi traguardi.